Son órganos centrales del Sistema Andaluz de Archivos:
a) El titular o la titular de la Consejería de Cultura y el titular o la titular, o los titulares de las Direcciones Generales de Bienes Culturales y de Instituciones del Patrimonio Histórico, que ejercerán sus competencias de acuerdo con las normas reguladoras de la estructura orgánica básica de la Consejería de Cultura.
b) La Comisión Andaluza de Archivos y Patrimonio Documental y Bibliográfico, constituida en el seno del Consejo Andaluz del Patrimonio Histórico. Su composición y funciones son las reguladas por la Ley 1/1991, de 3 de julio, de Patrimonio Histórico de Andalucía y por el Reglamento de Organización Administrativa del Patrimonio Histórico de Andalucía, aprobado por el Decreto 4/1993, de 26 de enero.
c) La Comisión Andaluza Calificadora de Documentos Administrativos, órgano colegiado de la Consejería de Cultura, adscrito a la Dirección General de Instituciones del Patrimonio Histórico, a la que corresponde la calificación, utilización e integración en los archivos de los documentos que componen el Patrimonio Documental Andaluz, de acuerdo con lo dispuesto en el presente Reglamento y normas que lo desarrollen.
d) La Comisión de Coordinación del Sistema Andaluz de Archivos, órgano colegiado de la Consejería de Cultura, adscrito a la Dirección General de Instituciones del Patrimonio Histórico, encargado de velar por la integración de las actuaciones de los distintos elementos del Sistema Andaluz de Archivos.